Une dernière étude de l’Insee révèle qu’entre le 1er mars et le 14 juin 2021, alors que nous connaissions une troisième vague épidémique, la Bourgogne-Franche-Comté a enregistré 8 903 décès, toutes causes confondues, soit 3 % de plus qu'en 2019. À l'exception de la Martinique (0 %), il s'agit de l'excédent de décès le plus faible de France.
Cette situation contraste avec les deux premières vagues épidémiques (mars-avril 2020 et septembre 2020 - janvier 2021) durant lesquelles la Bourgogne-Franche-Comté faisait partie des régions les plus touchées. Les décès avaient alors augmenté de 27 % puis de 28 % par rapport à l'année précédente. En Bourgogne-Franche-Comté, le Doubs est le département qui enregistre la plus forte progression des décès depuis le 1er mars par rapport à 2019 (+ 11 %).
En revanche, la baisse est notoire par rapport à 2020 (-17,2%). Concernant le département du Jura, le taux de mortalité augmente de 1,3% entre 2019 et 2021, alors qu’il baisse de 12,7 entre 2021 et 2020.