Ce contrôle réglementaire comporte des analyses microbiologiques de l’eau et des relevés avec un intervalle de temps maximum de 30 jours entre 2 prélèvements. Un premier prélèvement a lieu 10 à 15 jours avant l’ouverture de la baignade. En cas de mauvais résultat, l’ARS peut demander au gestionnaire de fermer la baignade et réalise un prélèvement dit de recontrôle.
Les analyses du contrôle sanitaire sont sur certains sites complétées par des recherches de cyanobactéries. Certaines espèces de ces micro-algues peuvent produire et libérer des toxines à l’origine de risques sanitaires pour les baigneurs, les usagers d’activités nautiques ou les consommateurs des produits de la pêche. Les effets les plus fréquents actuellement connus font suite à des contacts (irritation de la peau, du nez, de la gorge et des yeux) ou à une ingestion (maux de ventre, diarrhées, nausées, vomissements).
La qualité des eaux de baignade est évaluée selon les règles de classement de la directive européenne. Sur la base des résultats des analyses effectuées sur une période de quatre ans, il est attribué à l’eau de baignade une des 4 classes de qualité suivantes : Excellente, bonne, suffisante et insuffisante.
Plus de 82 % des sites d’excellente qualité. En 2021, sur les 85 sites de baignades naturelles recensées en Bourgogne-Franche-Comté, les résultats du classement ont été les suivants :
Outre ces baignades naturelles, la région comporte également 2 baignades artificielles. Ce sont des baignades dont l’eau est maintenue captive, c’est-à -dire séparée des eaux de surface ou souterraines par des aménagements. Ces baignades font l’objet d’un suivi plus rapproché avec analyse de paramètres supplémentaires.