La restauration du ruisseau de la Mouillère à Besançon est inscrite au plan d’actions du contrat de rivière « Vallée du Doubs et territoires associés ». Cette opération est portée par Grand Besançon Métropole, dans le cadre de sa compétence « Gestion des milieux aquatiques et prévention des inondations » (GEMAPI). Le but est de restaurer ce ruisseau qui présente de nombreuses qualités. Il est de type vauclusien (une source karstique, rivière souterraine venant au jour, à la façon des eaux de la Fontaine de Vaucluse), d’une profondeur de 50m. C’est un ruisseau caractéristique de ce type de résurgence. Il s'étend sur 350 mètres, en partie dans le quartier Battant à Besançon, longeant la rue Isenbart, pour se jeter dans le Doubs sur le quai de Strasbourg, au niveau de la Tour de la Pelote.
Ce cours d’eau, « semi-enterré », est sujet à la pollution car exposé au milieu urbain, ce qui ne favorise pas sa biodiversité, notamment à cause des activités humaines, de la route à proximité, et des eaux pluviales qui peuvent apporter leur lot de pollution. « On confie une étude à un bureau qu’on va sélectionner après mise en concurrence, et on lui demande de faire un diagnostic complet sur le ruisseau, y compris le bassin versant. En fonction des possibilités qui nous seront offertes, on choisira un scénario qui pourra aboutir à plusieurs choses » confie Gilles Ory, conseiller communautaire délégué à la GEMAPI, à la qualité de l'air et aux zones humides. Cela pourrait être par exemple de « déterrer » certaines parties du cours d'eau, et de les « restaurer artificiellement » en les faisant passer ailleurs. A ce stade, ce ne sont encore que des hypothèses, sachant que ce ruisseau chemine dans un secteur classé.