L’université de Franche-Comté met tout en œuvre pour aider et soutenir la communauté universitaire afghane, notamment grâce au programme PAUSE. Ce programme a pour objectif d'accueillir et de protéger des chercheurs originaires de pays où la situation politique met leurs travaux et leurs familles en danger. L’établissement bisontin indique que « ce programme est ouvert à tous les membres de la communauté universitaire afghane qui en feraient la demande ».