Dans un communiqué de presse, les Écologistes de Franche-Comté réaffirment « leur soutien à la filière Comté », tout en appelant « à un cahier des charges renforcé pour limiter l’impact environnemental de la production ». « Si ce fromage est un pilier du patrimoine et de l’économie régionale, la pression sur les prairies et cours d’eau reste préoccupante » expliquent-ils.
Selon l’étude NutriKarst, « les rejets agricoles contribuent à la pollution de l’eau, malgré les efforts engagés ». Le mouvement écologiste milite « pour une évolution de la filière, garantissant qualité, préservation de la biodiversité et conditions d’élevage respectueuses, afin que le Comté reste une fierté régionale durable ».